Nel prossimo futuro, l'esperto di armi di James McCullen ha creato un'arma basata sulle nanotecnologie in grado di distruggere una città intera. MARS, la sua azienda, vende quattro testate alla NATO, e l'esercito americano ha il compito di fornire le testate. Duke e Ripcord stanno fornendo le testate quando cadono in agguato di un gruppo di soldati capitanati dalla Baronessa, in cui Duke riconosce la sua ex-fidanzata Ana Lewis. Duke e Ripcord sono salvati da Scarlett, Snake Eyes e Heavy Duty. Prendono le testate e si dirigono al The Pit, G.I. Joe centro di comando in Nord Africa, e così arrivano all'appuntamento con il capo del GI Joe Team, il Generale Hawk. Hawk prende il comando delle testate, dopo le scuse Duke e Ripcorde richiedono di entrare a far parte al gruppo. Quando tutti si riuniscono nella sala comandi Duke rivela di conoscere la Baronessa.