E' trascorso un mese da quando Altair ha ucciso il suo maestro Al Mualim, rivelatosi essere un membro dei Templari e colpevole di aver tradito la confraternita tentando di usare il Frutto dell'Eden per scopi personali. Divenuto di fatto il nuovo capo spirituale degli Assassini, Altair scopre che i Templari sopravvissuti si sono ritirati sull'isola di Cipro sotto la guida del Armand Bouchart, nuovo gran maestro dell'ordine.
Dopo essersi introdotto ad Acri ed aver catturato Maria, la donna Templare che aveva risparmiato a Gerusalemme, Altair salpa assieme a lei alla volta dell'isola, approdando nella città di Limassol; qui trova l'appoggio di Alessandro, uno dei capi della resistenza cipriota che si oppone all'occupazione crociata, e con il suo aiuto inizia ad indagare in merito ad un misterioso archivio di cui i Templari sarebbero in possesso e che potrebbe avere qualcosa a che fare con il Frutto dell'Eden ora in mano agli Assassini.