La storia riprende circa dieci settimane dopo gli avvenimenti del primo episodio Arthur e il popolo dei Minimei. Arthur, il protagonista, attende con impazienza l'arrivo della luna piena, per poter riaprire il portale e raggiungere nuovamente il popolo dei Minimei. Tuttavia, una serie di eventi cercheranno di fermarlo dai suoi intenti, tra cui il padre.